Benat Labaien korábban Xabi Alonsóval dolgozott együtt a Real Madridnál, ahol két időszakon keresztül volt alkalmazásban, miután pályafutását elemzőként kezdte a spanyol fővárosban az Atlético Madridnál.

Emellett 2017 és 2018 között Angliában is dolgozott a Leeds Unitednél, a Spanyol Labdarúgó-szövetségnél, a Real Sociedadnál (ahol 2021-ben megnyerték a Copa del Reyt) és a Real Zaragozánál. Európán kívül Katarban az Al Wakrah csapatában volt segédedző, 2023-ban pedig vezetőedző Japánban, a Tokushima Vortisnál. 2026-ban Alonsóval együtt a Chelseahez igazolt.